《藥師經》所提示的藥師法門，其修行的原理在哪裡呢？先要以現行的、現在的意識作為生起次第。換句話說，拿現在的名辭來說，要從自己的心理建設開始，先擴充自己的心量、願力，學習藥師佛初發心的大願，以捨己為人為目的。先由心的轉變，然後是身的轉變。
普通顯教都曉得點燈，《藥師經》上所講的燈，以及《造藥師經》上所講的十二神幡。我們現在所流行的顯教，廟子上作消災延壽的法會，燃燈四十九盞，掛的旛雖然沒有十二個，也有三、四、或五、六個，掛的不同而已，都想以表面的燈與旛，來求得消災和延壽。有時有效果，這個效果是因為人的誠心，誠能感天，是第六意識的現行所造成堅強、堅固的意念所做到的。這個堅固的意念，不外乎是定的關係，一念至誠就是定，就是佛所說的制心一處，無事不辦。
真正要修到不死之法，要曉得燃燈與十二神幡的涵義。所謂燃燈，必須要在自己定慧的境界上，發起身心內在的自性光明，這個自性光明不是像禪宗或其他的宗派所講的理上的自性光明，而是密宗的生起次第著相的光明，也是自心內在由定所引發的光明，等於楞嚴經上所說的：脫粘內縛，伏歸元真，發本明耀，就是定力到某一種程度，六根六塵的關係解脫了，自己制心一處，在內部，這個內部不分身體的內或身體的外，就是那個寧靜的內部，由自性的功能所發起的神光。那麼，在西藏的密法，把這一類的神光，用中文翻譯有兩個名辭，一個名辭叫它是拙火，一個名辭叫它是靈能或靈力。
所謂拙火，是形容的觀念，就是說人體的生命上有一種功能，它永遠不發生作用，等於一個笨人，他永遠是笨的。到什麼時候發生作用呢？當我們把六根六塵，後天的妄念，乃至心理上後天的情緒，一切解脫平穩的時候，生命的這種基本功能就會發起作用，這個時候它並不笨。顯教的經典，從東漢以後，一直到唐宋元明清的翻譯，就叫作三昧真火。
這個東西在楞嚴經的道理怎麼說呢？楞嚴經第三卷開始以後，講物理世界的性火真空，性空真火，清淨本然，周遍法界，隨眾生心應所知量。……起遍世間，寧有方所。它在宇宙的生命與我們人體的生命中間，無所在，但是也無所不在，要真正得定到一個相當的境界，嚴格地說，要到三禪定才會真正發起這個拙火光明。
那麼，發起以後有兩種修法，一種就是發起定，定在拙火光明境上，進入四禪的境界，最後自己到壽命的盡頭，業報到最後結束時，以自己定慧的功力，不需要藉助外來的、人世間的火力，而把自己煉化。這種情形的修法，在經典上記載，過去在印度，乃至於佛教傳入中國，東漢到唐宋這個階段，還有很多修行人可以做到。元朝以後，明朝、清朝一直到現在，很少見了，並不是因為時代的不同，而是因時代愈向後走，一般人發心修持的功力，同修持理論上的見解不徹底。拿唯識來講，這是證成的道理不知道、不清楚，統統在觀待道理，在思想理論上轉，把佛學佛法真正的修法，都變成空談了。
所以，這必須要證成道理完全修通、搞通了，修持就完全對了。
這是講藥師佛所講的燈，它真正的涵義，是燃起這個父母所生的肉身，內在生命的光輝，那麼它自然可以消災延壽，拿中國的道理來說，自然可以長生不死。
藥師法最好配合準提法和阿彌陀佛淨土法門這二種法門修。配合準提法的淨法界咒、六字大明咒，如果幫助有病的人，念三遍或七遍準提咒，然後就專念藥師咒，這是求加持，希望他早一點病癒。如果看到這個人實在很痛苦，真正的悲心，不是慈心，除藥師咒以外，再為他念往生咒，不如早一點往生，免得受這個痛苦，所以要配合準提法或淨土法門修。
藥師法配合這兩種法門修非常有效，至於以飲食或淨水救人，不要隨便啊！自己若無相當的修證，不要隨便開玩笑，那反而有罪過。自己有效驗徵兆，一念，開眼閉眼都是光明一片，那就絕對有效了，非常之有效。這個要特別注意，不要隨便
十二藥叉神將的奧秘
爾時眾中，有十二藥叉大將，俱在會坐，所謂：官毘羅大將、伐折羅大將、迷企羅大將、安底羅大將、頞你羅大將、珊底羅大將、因達羅大將、披夷羅大將、摩虎羅大將、真達羅大將、招杜羅大將、毗羯羅大將，此十二藥叉大將，一一各有七千藥叉，以為眷屬。
藥叉的意思解釋過了，有兩種。藥叉的翻譯就是夜叉。我們平常罵人，尤其罵女性朋友，很難聽，罵母夜叉。但是中國文學搞錯了，好像母夜叉代表醜陋，不是的，這是外來文化，由印度佛教文化傳來的。夜叉神將，有地夜叉、天夜叉、虛空夜叉，像虛空夜叉又是藥師經所講大菩薩的化身、金剛菩薩的化身。男性夜叉都非常威猛，現金剛相，是大菩薩成就的境界；女性夜叉非常漂亮，都很美麗。
藥師佛有十二大願，真正護法的十二大金剛菩薩，現身為十二夜叉，他的名字就是咒語，千萬注意，要記住，十二夜叉的名字就是咒語。
念的時候，下面稱號可以去掉，十二藥叉的名字一路念下來，最後加一句菩薩摩訶薩，非常靈驗啊！因為我不喜歡保密，顯也好，密也好，到我手裡，我都公開，我的想法也是願望，道是天下之公道，法是天下之公法。有緣，有信心，你自己拿去；沒有緣，沒有信心，單獨傳給你，你也修不成功。
我們曉得佛過世以後，一千四百年間，玄奘法師還沒有到達印度以前，唯識宗的一位大師，叫護法，玄奘法師後來所翻譯的成唯識論主要是取自他的理論。護法大師認為自己所證的義理到了，但是不想肉身死亡，要等待彌勒菩薩下來給他證明，看看他說的法對不對。因此，怎麼辦呢？念藥師佛的名字，求長壽，念了十二藥叉大將的名字，求觀世音菩薩加被，結果觀世音菩薩現身，帶領他，幫忙他結手印，念十二藥叉大將的名字，一個岩石山洞打開了，藥叉大將親自把他領進去，然後這個岩石封閉了。所以他在岩石裡面等侍彌勒佛下來，肉身不壞。
因此，藥叉神將名字在唯識宗的記載上，是非常有效果的，要注意，不要輕易看過去。
藥師佛的手印
你們要求得成就，必須學會結藥師佛的手印——中指交叉放在兩個虎口上，兩隻無名指交叉，右邊壓左邊，放在中指背上，兩個大拇指按在兩個無名指頭上，食指、小指立起來。手印合掌當胸。
祈求南無藥師琉璃光如來，念藥師咒一百零八遍或多念，然後念十二神將大名，末尾加金剛菩薩摩訶薩，念一百零八遍，或多念更好。至心誠意，最後不念時，手印從頂上散開。
注意啊！修一切供養，盡心修持，必定成就，我希望你們諸位在座有緣的個個都成就。
接著我們看最後一頁：
同時舉聲白佛言：世尊！我等今者，蒙佛威力，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，不復更有惡趣之怖。我等相率，皆同一心，乃至盡形歸佛法僧，誓當荷負一切有情，為作義利，饒益安樂，隨於何等屯城國邑，空閑林中，若有流布此經，或複受持藥師琉璃光如來名號，恭敬供養者，我等眷屬，衛護是人，皆使解脫一切苦難，諸有願求，悉令滿足，或有疾厄求度脫者，亦應讀誦此經，以五色縷，結我名字，得如願已，然後解結。
所謂五色絲線打旛結，一邊結，一邊唸。這個結可以打成最簡單、最普通的蝴蝶結，一邊結，一邊唸，念完了打十二結，掛起來就是旛。十二神將的名字，一邊打一邊至誠念，自己生病時念藥師琉璃光如來，乃至打結念十二金剛菩薩神將名字，掛在自己旁邊或病人身上，等他好了要散結，不要老是結著。
吉祥圓滿
爾時世尊，贊諸藥叉大將言：善哉！善哉！大藥叉將！汝等念報世尊藥師琉璃光如來恩德者，常應如是利益安樂一切有情。
大藏治病藥
唐釋靈澈
大藏經曰：救災解難，不如防之為易。療疾治病，不如避之為吉。今人見左，不務防之而務救之，不務避之而務藥之。譬之有君者，不思勵治以求安。有身者，不惜保養以全壽。是以聖人求福於未兆，絕禍於未萌。蓋災生於稍稍，病起於微微。人以小善為無益而不為，以小惡為無損而不改。孰知小善不起，災難立成；小惡不止，大禍立至。故太上特指心病要目百行，以為病者之鑑。人能靜坐持照察病有無，心病心醫，治以心藥。奚伺盧扁，以療厥疾。無使病積於中。傾潰莫遏，蕭牆禍起，恐非金石草木可攻。所為長年，因無病故，智者勉焉。
喜怒偏執是一病。亡義取利是一病。好色壞德是一病。專心系愛是一病。
縱慾無理是一病。縱貪蔽過是一病。毀人自譽是一病。擅變自可是一病。
輕口喜言是一病。快意逐非是一病。以智輕人是一病。乘權縱橫是一病。
非人自是是一病。侮易孤寡是一病。以力勝人是一病。威勢自脅是一病。
語欲勝人是一病。貨不念償是一病。曲人自直是一病。以直傷人是一病。
與惡人交是一病。喜怒自伐是一病。愚人自賢是一病。以功自矜是一病。
誹議名賢是一病。以勞自怨是一病。以虛為實是一病。喜說人過是一病。
以富驕人是一病。以賤訕貴是一病。讒人求媚是一病。以德自顯是一病。
以貴輕人是一病。以貧妒富是一病。敗人成功是一病。以私亂公是一病。
好自掩飾是一病。危人自安是一病。陰陽嫉妒是一病。激厲旁悖是一病。
多憎少愛是一病。堅執爭鬥是一病。推負著人是一病。文拒鉤剔是一病。
持人長短是一病。假人自信是一病。施人望報是一病。無施責人是一病。
與人追悔是一病。好自怨憎是一病。好殺蟲畜是一病。蠱道厭人是一病。
毀訾高才是一病。憎人勝己是一病。毒藥耽飲是一病。心不平等是一病。
以賢貢犒是一病。追念舊惡是一病。不受諫諭是一病。內疏外親是一病。
投書敗人是一病。笑愚癡人是一病。煩苛輕躁是一病。撾捶無理是一病。
好自作正是一病。多疑少信是一病。笑顛狂人是一病。蹲踞無禮是一病。
醜言惡語是一病。輕慢老少是一病。惡態醜對是一病。了戾自用是一病。
好喜嗜笑是一病。當權任性是一病。詭譎諛諂是一病。嗜得懷詐是一病。
兩舌無信是一病。乘酒凶橫是一病。罵詈風雨是一病。惡言好殺是一病。
殺人墮胎是一病。干預人事是一病。鑽穴窺人是一病。不借懷怨是一病。
負債逃走是一病。背向異詞是一病。喜抵捍戾是一病。調戲必固是一病。
故迷誤人是一病。探巢破卵是一病。驚胎損形是一病。水火敗傷是一病。
笑盲聾啞是一病。亂人嫁娶是一病。放人捶撾是一病。教人作惡是一病。
含禍離愛是一病。唱禍道非是一病。見貨欲得是一病。強奪人物是一病。
此為百病也。人能一念，除此百病。日逐檢點，使一病不作，決無災害痛苦，煩惱兇危。不惟自己保命延年，子孫百世，永受其福矣。
大藏經曰：古之聖人，其為善也，無小而不崇。其於惡也，無微而不改。改惡崇善，是藥餌也。錄所謂百藥以治之：
恩無邪闢是一藥。行寬心和是一藥。動靜有禮是一藥。起居有度是一藥。
近德遠色是一藥。清心寡欲是一藥。推分引義是一藥。不取非分是一藥。
雖憎猶愛是一藥。心無嫉妒是一藥。教化愚頑是一藥。諫正邪亂是一藥。
戒敕惡僕是一藥。開導迷誤是一藥。扶接老幼是一藥。心無狡詐是一藥。
拔禍濟難是一藥。常行方便是一藥。憐孤卹寡是一藥。矜貧救厄是一藥。
位高下士是一藥。語言謙遜是一藥。不負宿債是一藥。愍慰篤信是一藥。
敬愛卑微是一藥。語言端愨是一藥。推直引曲是一藥。不爭是非是一藥。
逢侵不鄙是一藥。受辱能忍是一藥。揚善隱惡是一藥。推好取醜是一藥。
與多取少是一藥。稱嘆賢良是一藥。見賢內省是一藥。不自誇彰是一藥。
推功引善是一藥。不自伐善是一藥。不掩人功是一藥。勞苦不恨是一藥。
懷試抱信是一藥。覆蔽陰惡是一藥。崇尚勝己是一藥。安貧自樂是一藥。
不自尊大是一藥。好成人功是一藥。不好陰謀是一藥。得失不形是一藥。
積德樹恩是一藥。生不罵詈是一藥。不評論人是一藥。甜言美語是一藥。
災病自咎是一藥。惡不歸人是一藥。施不望報是一藥。不殺生命是一藥。
心平氣和是一藥。不忌人美是一藥。心靜氣定是一藥。不念舊惡是一藥。
匡邪弼惡是一藥。聽教伏善是一藥。忿怒能製是一藥。不干求人是一藥。
無思無慮是一藥。尊奉高年是一藥。對人恭肅是一藥。內修孝悌是一藥。
恬靜守分是一藥。和悅妻孥是一藥。以食飲人是一藥。勗修善事是一藥。
樂天知命是一藥。遠嫌避疑是一藥。寬舒大度是一藥。敬信經典是一藥。
息心抱道是一藥。為善不倦是一藥。濟度貧窮是一藥。舍藥救疾是一藥。
信禮神佛是一藥。知機知足是一藥。清閒無欲是一藥。仁慈謙愛是一藥。
好生惡殺是一藥。不寶厚藏是一藥。不犯禁忌是一藥。節儉守中是一藥。
諫己下人是一藥。隨事不慢是一藥。喜談人德是一藥。不造妄語是一藥。
貴能援人是一藥。富能救人是一藥。不尚爭鬥是一藥。不淫妓青是一藥。
不生姦盜是一藥。不懷咒厭是一藥。不樂詞訟是一藥。扶老挈幼是一藥。
此為百藥也。人有疾病，皆因過惡陰掩不見，故應以疾病，因緣飲食風寒惡氣而起。由人犯違聖教以致魂迷魄喪，不在形容，肌體空虛，精氣不守，故風寒惡氣，得以中之。是以有德者，雖處幽闇，不敢為非。雖居榮祿，不敢為惡。量身而衣，隨分而食。雖富且貴，不敢恣欲。雖貧且賤，不敢為非。是以外無殘暴，內無疾病。然吾人可不以自維自究，以百藥自治，養吾天和，一吾胸臆，以期長壽之地也哉。
這份《大藏治病藥》的講義，是唐代靈澈法師所編寫的。唐宋之間對中國文學有很大影響的是詩僧，譬如影響宋朝文學的，有九個和尚，所謂九僧詩派。在中國文學史上很有影響力的靈澈法師，也是唐代有名的詩僧，但他不是禪師，是法師。在過去，禪師與法師的區別很大，法師稱為義學沙門，義學沙門是講教的，解釋教理。靈澈法師是講經教的大法師，這篇講義是他看了佛教的大藏經節錄出來的，是大藏經中佛法的治病心藥。
以佛法來講，一切人生理上的病，多半是由心理而來，所謂心不正，心不淨，人身就多病。什麼叫淨心呢？平常無妄想、無雜念，絕對清淨，才是淨心。有妄想，有雜念、有煩惱，是因喜怒哀樂、人我是非而來的。裡面提到很多病，一條條都是關於我們心理行為的毛病。